دانلود پایان نامه حداکثر درست نمایی و مطالعات ژنتیک

روش‌های مبتنی بر مدل که در آن‌ها فرض بر این است که افراد درون هر خوشه مشاهدات تصادفی از برخی مدل‌های پارامتری بوده و استنباطات آماری مربوط به پارامترهای هر خوشه و تعیین عضویت در هر خوشه با استفاده از روش‌های آماری استاندارد مانند حداکثر درست نمایی و … انجام می‌گیرد [25].
از بین این الگوریتم‌ها، روش اتصال میانگین (UPGMA) و روش اتصال مجاور(NJ) متداول‌ترین روش های تجزیه خوشه‌ای مورد استفاده در مطالعات ژنتیکی به خصوص بررسی تنوع می باشند.
2-14-1-2- تجزیه به مختصات اصلی (PCoA)
تجزیه به مختصات اصلی همراه با تجزیه خوشه‌ای، یکی دیگر از تکنیک‌های چندمتغیره است که دارای کاربرد زیادی در تجزیه تنوع ژنتیکی است [28]. این تکنیک را می توان برای نمایش دوبعدی پراکنش افراد بکار برد. تجمع افراد در یک ناحیه از پلات نشان‌دهنده تشابه ژنتیکی آن افراد می باشد.تجزیه به مختصات اصلی به عنوان روشی برای کاستن حجم داده ها به منظور روشن ساختن روابط بین دو یا چند متغیر و توجیه تغییرات کل داده های اصلی و اولیه به وسیله تعداد محدودی از متغیرهای جدید مستقل به نام مختصات اصلی می‌باشد. تجزیه به مختصات اصلی از نظر آماری شبیه به روش تجزیه به مؤلفه‌های اصلی می‌باشد با این تفاوت که معمولأ برای داده های کیفی از روش تجزیه به مختصات اصلی و برای داده‌های کمی از روش تجزیه به مؤلفه‌های اصلی استفاده می‌شود [28].
2-14-2- معیارهای سودمندی نشانگرها
سودمندی یک نشانگر ژنتیکی، به تعداد و فراونی آلل‌ها مربوط می‌شود. از معیارهای مهم سودمندی نشانگرها، می‌توان به محتوی اطلاعات چندشکلی ، احتمال همسانی و قدرت تفکیک اشاره کرد [5].
2-14-2-1- محتوی اطلاعات چندشکلی
محتوی اطلاعاتی چندشکلی یک پارامتر نشان دهنده میزان چندشکلی یک نشانگر می‌باشد که می‌تواند از صفر تا یک متغیر باشد. هرچقد این عدد بزرگتر باشد، بیانگر وجود تعداد الل‌های زیاد و فراوانی زیاد چندشکلی برای آن جایگاه در جمعیت تحت مطالعه است [5].
1- ( Pij2 2-1 فرمو
که در آن Pi بیانگر فراوانی آلل iام، Pj بیانگر فراوانی آلل jام است [85].
2-14-2-2- احتمال همسانی
احتمال همسانی، احتمال همسانی را توضیح می‌دهد که دو رقم مستقل، توسط یک نشانگر از یکدیگر تفکیک شوند. در جایگاه‌هایی که بیشترین تعداد آلل را دارند، مقدار PI حتی می‌تواند کمتر از 0.05 باشد، یعنی به احتمال 95 درصد آلل‌های آن جایگاه بین ارقام مجزا مشترک می‌باشند. PI با استفاده از فرمول زیر محاسبه می‌گردد:
فرمول2-2
که در آن Pi بیانگر فراوانی آلل iام، Pj بیانگر فراوانی آلل jاو n بیانگر تعداد آلل است [90].
2-14-2-3- قدرت تفکیک
احتمال شناسایی افراد را توسط یک نشانگر نشان می‌دهد. در یک جایگاه با چندشکلی بالا، قدرت تفکیک بیش از 895/0 و در یک جایگاه نسبتاً پلی‌مورف717/0-85/0 می‌باشد. برای محاسبه آن از فرمول زیر استفاده می‌شود [5] :
D= 1-PI فرمول2-3
که در آن D قدرت تفکیک و PI احتمال همسانی می‌باشد.
2-15- مروری بر مطالعات ژنتیکی و مورفولوژی انجام شده روی گونه‌های‌آژیلوپس
رنجبر و همکاران ( 1387 ) به منظور بررسی تنوع ژنتیکی 70 نمونه Ae. crassa ، 63 نمونه تتراپلوئید و 7 نمونه هگزاپلوئید از 21 جفت ریز‌ماهواره SSR استفاده کردند که 20 جفت از پرایمر ها چند‌شکلی مناسب نشان دادند. نمونه های هگزاپلوئید و تتراپلوئید به طور کامل از هم تفکیک نشدند و همچنین هیچگونه ارتباط جغرافیایی و ملکولی بین نمونه های مورد بررسی مشاهده نگردید که نشاندهنده تفاوت ژنتیکی این نمونه ها می باشد.
شیری و همکاران (1388) تعداد 25 جمعیت گندم اینکورن از دوگونه تریتیکوم بوئتیکوم و تریتیکوم اورارتو جمع آوری شده از استان های غربی و شمال غربی ایران با استفاده از 12جفت نشانگر ریزماهواره بررسی کردند. 12 جفت آغازگر از 2 تا 14 آلل و در مجموع 87 آلل در بین 25 ژنوتیپ تکثیر کردند که متوسط تعداد آلل ها به ازای هر جفت آغازگر 25/7 بود و محتوای اطلاعات چند شکلی از 37/0 تا 92/0 و میانگین 72/0 به دست آمد.
نقوی و همکاران (1390 ) به منظور بررسی تنوع ژنتیکی 86 نمونهAe. Tauschii‌ جمع‌آوری شده از نواحی شمالی ایران از 10 جفت توالیهای تکراری ریزماهواره استفاده کردند که 9 جفت از آنها چند شکلی مناسبی نشان دادند.
کازوتوشی و همکاران (1998) تنوع ژنتیکی بین 112 توده Ae. Tauschii‌ (ژنوم DD ), Ae. Cylindrica( ژنوم CCDD ), ‌ Ae. crassa( ژنوم DDMM ),Ae. biuncialis ( ژنوم UUMM ), Ae. brincialis (ژنوم UUCC ) جمع آوری شده از آسیای مرکزی و شمال منطقه قفقاز را به وسیله نشانگر RAPD، مورد بررسی قرار دارند. گونه های آژیلوپس به طور کلی به دو گروه اصلی، یکی شامل گونه های با ژنومD و دیگری شامل گونه های با ژنومU تقسیم شدند. توده های آژیلوپس آسیای مرکزی از توده های شمال منطقه قفقاز متنوع تر هستند. توده های Ae. tauschii وAe. cylindrica شمال منطقه قفقاز از نظر ژنتیکی یکنواخت بودند. توده های بین درجه تنوع گونه های آژیلوپس و تنوع مارکرهای RAPD یافت نشدند.
پستسواو همکاران (2000) با استفاده از ریزماهواره ها به بررسی تنوع موجود در نمونه‌هایAe. tauschii جمع‌آوری شده از منطقه قفقاز تا آسیای مرکزی پرداخته و مشاهده کردند که تعداد نسبتاً کمی از ریزماهواره‌ها برای بررسی تنوع ژنتیکی مناسب می‌باشند.
این نوشته در علمی ارسال شده است. افزودن پیوند یکتا به علاقه‌مندی‌ها.