دانلود پایان نامه ارشد درمورد ساختار فضایی و بکارگیری روش

مفهوم میانگین باید به وضوح برای تمامی مراحل تعریف شده وثابت باشد.
از آنجایی که دسته‌ها در ابتدا به صورت تصادفی تشکیل می‌گردند، نتایج حاصله می توانند در هر مرتبه از اجرای الگوریتم متفاوت باشند، بناباین داشتن درکی کلی از تعداد دسته‌های موجود درسری داده به صورت تجربی به اجرای صحیح این الگوریتم کمک می کند.

2-2) بهینهسازی ساختارهای مولکولی
مولکولها معمولا با استفاده از نرمافزارهایی مانند Hyperchem [24] رسم میشوند. درنهایت، ساختار مولکولها به وسیله روش مکانیک مولکولی و یا روشهای نیمه تجربی بهینه میشوند. سپس ماتریس سه‌بعدی این ساختارها به صورت ورودی به نرمافزارهایی مانندMopac [25]، Dragon [26]وارد شده تا توصیفکنندههای مولکولی محاسبه شوند.

2-3) محاسبه توصیفکنندههای مولکولی
توصیفکنندههای مولکولی نتیجه نهایی یک استدلال و روش ریاضی هستند که اطلاعات شیمیایی را به رمز تبدیل می‌کنند و آنها را به صورت یک نماد نشان می‌دهند طوری که ارائه دهنده ویژگیهای یک مولکول به صورت یک عدد مفید ‌باشند. برای مثال ممکن است توصیف‌کننده‌ها، ویژگی‌های فیزیکی و شیمیایی یک مولکول باشند و یا ممکن است مقادیر ناشی از بکارگیری روش‌های الگوریتمی برای ساختارهای مولکولی باشند. به عبارت دیگر میتوان گفت که هر توصیفکننده، اطلاعات خاصی از مولکول را که بر کمیت مورد مدلسازی اثر میگذارد در اختیار قرار میدهد که از اهمیت به سزایی برخوردار است. در صورتی که توصیفکنندههای انتخاب شده مناسب نباشند، عمل مدل‌سازی با مشکل مواجه شده و مدل مناسب به دست نخواهد آمد. بنابراین در انتخاب توصیفکنندهها باید دقت کرد و توصیفکنندههایی میبایست انتخاب شوند که در ارتباط با ویژگی مورد نظر مولکول بوده، فهم و تفسیر آنها آسان باشد و بتوانند به ساختارهای متفاوت، مقادیر عددی متفاوتی بدهند.
توصیفکنندهها را بر اساس چگونگی بیان خصوصیات مولکول میتوان به چند دسته کلی تقسیم کرد، که معروفترین آنها در اینجا آورده شده است:
1- توصیفکنندههای ساختاری
2- توصیفکنندههای توپولوژیکی
3- توصیفکنندههای هندسی
4- توصیفکنندههای الکترونی
5- توصیفکنندههای فیزیکوشیمیایی
6- توصیفکنندههای توسعهیافته
7- توصیفکنندههای LFER
2-3-1) توصیفکنندههای ساختاری
این سری توصیفکنندهها عمومیترین توصیفکنندههای مورد استفاده میباشند که ساختار ترکیب را بدون هیچگونه اطلاعاتی درباره هندسه مولکولی آن در اختیار قرار میدهند. از مهمترین توصیفکنندههای ساختاری میتوان تعداد اتمها، تعداد پیوندها، تعداد مطلق و نسبی انواع اتمهای مورد نظر و تعداد مطلق و نسبی انواع پیوندها را نام برد. این دسته توصیفکنندهها به تغییرات پیکربندی حساس نیستند و بین ایزومرها تمایزی قائل نمیشوند.
2-3-2) توصیفکنندههای توپولوژیکی
توصیف‌کننده‌های توپولوژیکی جزء سادهترین نوع توصیف‌کننده‌ها می‌باشند و به ساختار فضایی مولکول ارتباطی نداشته و تنها به نوع اتمها، نوع پیوندها و نحوه ارتباط اتم‌ها به یکدیگر وابستهاند. این پارامترها را می‌توان بدون بهینه کردن ساختار مولکول محاسبه کرد. توصیف‌کننده‌های توپولوژیکی خود به چهار دسته، توصیفکنندههای جزء، زیر ساختاری، اندیسهای توپولوژی و توصیفکنندههای محیطی تقسیم میشوند و شکلهای ساختاری از قبیل مسیر و ارتباطات را مشخص میکنند.
2-3-2-1) توصیفکنندههای جزء

این نوشته در علمی ارسال شده است. افزودن پیوند یکتا به علاقه‌مندی‌ها.